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EVOSEP在单细胞蛋白组学上的应用潜能
来源:大分子生物 | 作者:Neoline | 发布时间: 2021-06-11 | 1904 次浏览 | 分享到:
随着“后基因组计划”的发展,蛋白质做为生物活动的执行者备受关注。随着质谱灵敏度和分辨率能力的提升,蛋白组学正在蓬勃发展。蛋白组学在疾病生物标志物发现,疾病发病机制及信号网络等众多领域发挥价值。

  随着“后基因组计划”的发展,蛋白质做为生物活动的执行者备受关注。随着质谱灵敏度和分辨率能力的提升,蛋白组学正在蓬勃发展。蛋白组学在疾病生物标志物发现,疾病发病机制及信号网络等众多领域发挥价值。研究者在研究中发现即使是相同部位的细胞其也表现出差异性。为了研究单细胞水平的差异,单细胞转录组的技术解答了部分问题。但为了更好的弄清细胞的异质性,必须在考察其蛋白水平上的差异。

  单细胞蛋白组学可以在单个细胞水平上完成对其蛋白的解析,充分了解细胞的异质性。近年来也报道了非常多的相关文献。

  


  斯洛文尼亚卢布尔雅那大学医学中心妇产科生殖科

  Virant-Klun Irma通过稀释的方法在100个卵母细胞中定量出2154种蛋白,在单个卵母细胞中定量158种蛋白,对比了成熟卵母细胞和未成熟卵母细胞的蛋白组差异,为人工辅助生殖提供潜在的指导价值。

  


  挪威卑尔根豪克兰大学医院神经内科Gavasso Sonia总结了当时单细胞蛋白组在肿瘤上的应用,阐明单细胞蛋白组学对肿瘤诊断的意义。

  


  但单细胞蛋白组学并不像单细胞转录组一样可以通过扩增放大信号,这就对检测技术的灵敏度提出很高的要求。随着质谱灵敏度不断提高,单细胞蛋白组学复杂的样本前处理及样本损失成为瓶颈。一个普通细胞的蛋白不到1ng,且通常需要蛋白质提取、蛋白质纯化、缓冲交换、二硫键还原、游离半胱氨酸残基烷基化和蛋白质消化等前处理步骤。在每步的操作中都会造成样本的损失,且由于HPLC的进样特性,是由进样针吸取部分体积的样本的问题,造成难以进样完全。这些成为限制单细胞蛋白组学的发展。

  为了解决这些问题,一些研究者开始了研究增加但细胞内蛋白的前处理问题及进样问题。

  复旦大学chen qi研究了自动进样装置iPAD-100可以被应用于注射100个活细胞,将活细胞转化为肽,结果共有813个蛋白质在DLD细胞蛋白质组中通过三次重复运行被鉴定。

  


  北京大学黄超兰老师研发了微流芯片技术,应用该系统对100±10、50±5、10和1hela细胞进行了蛋白质组学分析,分别鉴定出1360、612、192和51个蛋白。

  


  类似这样的技术还有很多,虽然这些技术解决了部分样本前处理的问题,但单细胞研究通常需要大量的样本量,这些技术难以快速的分析大队列样本。

  在2020年ASMS上,EVOSEP公司展示了其正在研发的单细胞蛋白组学的解决方案。可以在一天中完成50个样本的分析,并且在灵敏度和鉴定数上也有很好的数据。下面给大家分析一下为什么EVOSEP可以做单细胞蛋白组学的分析。

  


  关于前处理,EVOtip可以完成单个细胞在其中的全部前处理步骤。马克斯普朗克研究所研发的TIP在对蛋白样本的前处理中表现出非常好的数据,其研发的tip和EVOtip一样都是在枪头底部加了一段C18小柱。EVOtip的载量是1ug,满足单细胞上的蛋白量,且由于EVOSEP特殊的进样模式,可以使EVOtip上捕获的肽段全部进入LC-MS分析,不会损失样本。

  


  目前EVOSEP公司正在开发单细胞蛋白组学的解决方案,敬请期待。


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